Il Piano di studi dell'Istituto Scolastico Paritario "Padre Pio" è organizzato in un biennio comune e in triennio di specializzazione con 2 indirizzi.

Il percorso formativo ha la durata di 5 anni ed è suddiviso in un biennio comune e introduttivo e un triennio in cui si affrontano gli studi specialistici dell'indirizzo scelto. Al terminte, gli studenti conseguono il Diploma di Istruzione Tecnica.

L'Istituto "Padre Pio" offre una preparazione tecnica e pratica che consente l'accesso sia al mondo del lavoro che all'università con particolare focalizzazione nel settore commerciale, amministrativo e informatico di un'azienda.

l predetto diploma consente agli studenti di inserirsi direttamente nel mondo del lavoro, di accedere all’ università, al sistema dell’istruzione e formazione tecnica superi ore, nonché ai percorsi di studio e di lavoro previsti per l’accesso agli albi delle professioni tecniche secondo le norme vigenti in materia. Dall’anno scolastico 2014-2015 la scuola, ottemperando alle direttive nazionali, inserisce l’insegnamento in lingua inglese della materia caratterizzante ogni indirizzo. Nel primo anno di attuazione del progetto è stato deciso di svolgere l’attività didattica in compresenza con il docente di lingua i nglese.